大鼠shRNA设计网站
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简述信息一览：
基因搜详细介绍
1、cDNA克隆库是一个整合了国外多种cDNA资源的创新平台，它以其全面性和精确性而闻名。该库包含了大约五万条cDNA片段，覆盖了人类、大鼠和小鼠等多种物种，且序列准确率极高。
2、首先，cDNA克隆和ORFcDNA提供了两种选择。cDNA克隆通常具有全长序列，包括5和3 UTR，确保CDS区序列的准确性，与NCBI数据库一致。ORFcDNA则在基因ORF序列中包含Kozak序列，以增强基因表达。此外，载体通常具有合适的酶切位点，便于后续亚克隆操作，并提供完全测序和详细的构建报告。
3、通过点击页面中的Genome Browser，用户将跳转至主界面（图3），并可选择物种和版本，输入检索词，如基因位点、基因名称或其他任意词汇，如HCC（肝细胞癌）进行搜索。搜索结果将展示详细信息，例如“人POMC”基因的染色体定位、碱基大小等，用户可以在此界面进行深入研究（图4）。
基因沉默shRNA载体设计与构建
1、RNA干扰（RNA interfering， RNAi）利用AAV病毒载体表达shRNA进行基因沉默，具有高度序列专一性，能特异性抑制基因表达，用于功能基因组学研究、基因功能研究、信号通路研究、构建疾病模型和基因治疗。shRNA载体设计包括干扰序列设计、载体构建、筛选检测、rAAV包装与纯化、滴度检测等步骤。
2、设计哺乳动物shRNA干扰载体的步骤如下： 选择载体类型 常见载体：质粒载体、慢病毒载体、腺病毒载体、AAV病毒载体、piggyBac载体及ToI2转座载体等。 考虑因素：根据实验需求选择合适的载体，例如，慢病毒载体适用于长期稳定的基因沉默，而质粒载体则适用于短期实验。
3、RNA干扰的类别包括siRNA、microRNA（miRNA）和shRNA。siRNA由dsRNA结合核酶复合物形成RNA诱导沉默复合物，通过碱基配对定位到同源mRNA上，切割mRNA。miRNA由内源性发夹结构转录产物衍生而来，靶向干扰成熟miRNA。shRNA是设计为能够形成发夹结构的非编码小RNA分子，通过RNA干扰来抑制基因表达。
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