mrna设计软件
文章阐述了关于rnai设计网站，以及mrna设计软件的信息，欢迎批评指正。
简述信息一览：
如何在线设计siRNA?
1、以下是三种常用的siRNA在线设计网站： siDirect设计网站（sidirectrnai.jp/）输入NCBI序列号或序列信息（FASTA格式），点击design siRNA。网站将提供一系列siRNA设计，包括Tm值、脱靶效应等评估信息。
2、设计步骤： 利用在线工具：可以利用如sidirectrnai.jp/、rnaidesigner.thermofisher.com或invivogen.com/sirnawiza等在线工具进行设计。 输入CDS序列：以目标基因为例，找到其转录本，输入CDS序列进行设计。 Blast分析：设计完成后，通过Blast分析筛选特异性高的序列。
3、点击你要的序列号，会进入这个基因的基本信息，一直往下拉会看到mRNAandProtein（s），NM开头的序列号就是其CDNA的序列了。
4、设计时还需考虑序列特异性，建议设计多条siRNA以覆盖不同位置，确保高效沉默。siRNA设计网站如DSIR、siDirect和Thermofisher提供了便捷的在线设计工具。设计时需在NCBI查找基因编号和序列，注意选择各剪接体共享位置和区别于其他基因保守位置。
5、RNA干扰的类别包括siRNA、microRNA（miRNA）和shRNA。siRNA由dsRNA结合核酶复合物形成RNA诱导沉默复合物，通过碱基配对定位到同源mRNA上，切割mRNA。miRNA由内源性发夹结构转录产物衍生而来，靶向干扰成熟miRNA。shRNA是设计为能够形成发夹结构的非编码小RNA分子，通过RNA干扰来抑制基因表达。
6、选择siRNA、shRNA或miRNA时，需考虑实验目的和细胞特性。siRNA适用于快速检测，shRNA适用于稳定沉默基因或植物研究，而miRNA适用于内源调控研究和跨物种研究。设计时需注意特异性、序列长度和热力学性质，以及结合在线工具进行辅助设计。
sirna设计网站-如何快速设计shRNA
LifeTechnologies公司有个非常实用的在线shRNA设计软件，操作非常方便，而且设计出来的shRNA不再需要到NCBI上Blast，直接可以用的。
输入RNA名字和序列（FASTA格式），点击Run ***ysis。网站根据评分高低排序设计的siRNA，去除评分低于90分的siRNA，选择排名靠前的siRNA进行设计。 invivogen设计网站（invivogen.com/sirnawiza...）输入RNA序列，点击search。网站不仅提供siRNA序列，还提供shRNA序列设计。
shRNA引物设计包括数据库介绍、输入基因ID、选择推荐的靶点序列、添加酶切位点和Loop环结构，以及设计shRNA片段。将Oligo片段正反向混合退火后，即可与载体连接，构建shRNA干扰载体。
shRNA设计原则围绕高效、特异性和安全性展开。首先，选择靶标时需综合考虑其特异性，避免非特异性干扰。推荐***用多个靶标以提高干扰效果。值得注意的是，shRNA序列中应避免连续四个以上的T，以防止成为RNA聚合酶III的终止信号。
设计shRNA时，碰到的特殊案例与BsaI内切酶相关，引发了一番思考。原本以为是单酶切，但查阅文献后得知，BsaI单酶切实际上能起到双酶切的效果，这令人惊讶。
什么是RNAi?
1、rnai指RNA干扰 RNA干扰（RNA interference， RNAi）是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA（double-stranded RNA，dsRNA）诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。基因沉默，主要有转录前水平的基因沉默（TGS）和转录后水平的基因沉默（PTGS）两类：TGS是指由于DNA修饰或染色体异染色质化等原因使基因不能正常转录；PTGS是启动了细胞质内靶mRNA序列特异性的降解机制。
2、【答案】：RNAi指内源性或外源性双链RNA（tsRNA）介导的细胞内mRNA特异性降解，导致靶基因表达沉默的现象。dsRNA首先被内切核酸酶（dicer）切成长度为19～25个核苷酸的小的RNA干扰（siRNA）片段。然后siRNA与RNA诱发的沉默复合物（RISC）结合，形成siRNA-RISC。
3、RNAi指的是RNA干扰（RNA interference）现象。RNA干扰是一种在生物体内广泛存在的基因表达调控机制，通过双链RNA诱导同源mRNA的降解，从而实现对基因表达的调控。RNAi机制在生物体内具有重要的作用，它参与了许多生物过程的调控，如细胞分化、生长发育、病毒感染等。RNAi的过程通常涉及两个主要步骤。
4、RNAi是一种由双链RNA引发的生物学现象，具有高度特异性，能有效降解同源mRNA，导致基因沉默。以下是关于RNAi的简介：发现过程：1995年，康乃尔大学的Su Guo博士在研究秀丽新小杆线虫时，发现无论是使用反义RNA还是正义RNA，都同样导致了基因表达的抑制。这一发现引发了科学界的关注。
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