基因设计图
本篇文章给大家分享基因设计网站，以及基因设计图对应的知识点，希望对各位有所帮助。
简述信息一览：
资源|基础研究常用数据库汇总
1、国内3大中文文献数据库系统：中国知网、万方、中国期刊网。万方数据资源系统（China Info）由中国科技信息研究所，万方数据股份有限公司研制。该数据库收录的期刊学科范围广，包括了学术期刊于非学术期刊，提供约2 000种的电子期刊的全文检索。
2、CircRNA研究领域的数据库资源，如circRNADisease、circBase、CircInteractome、TSCD、MiOncoCirc、CSCD和exoRBase，为研究者提供了全面的circRNA信息。这些数据库涵盖了从基础研究到临床应用的多个层面，涉及疾病种类广泛，包括肿瘤、心血管疾病、脑血管疾病及更多。
3、【02】百度学术（xueshu.baidu.com）整合国内外学术资源，可精准检索，包括知网、万方、维普等，还有论文求救功能。【03】谷歌学术（scholar.google.com）以维普、万方等数据库为检索基础，仅提供摘要和引用信息，需到源头获取原文。
建议收藏!基因功能注释及预测在线网站汇总
KEGG功能注解KofamKOALA （genome.jp/tools/kofamkoala/） 是KEGG官方工具，对非模式物种进行注解，结果可靠。通过在线版提交蛋白序列，邮件确认后，获取注解。分泌蛋白预测识别分泌蛋白有Signalp+TMHMM和Signalp+Deeploc两种方法。
网站链接：Plant Transcription Factor Database @ CBI， PKU AnimalTFDB： 动物转录因子和转录共激活因子数据库，支持多种动物的预测和分类信息。网站链接：bioinfo.life.hust.edu.cn... iTAK： 从蛋白质或基因注释中预测转录因子、转录共激活因子和激酶的软件工具，适合批量处理。
UCSC Genome Browser，由加州大学圣克鲁兹分校于2000年创建，作为基因组研究的三大宝库之一，提供基因信息检索、查看基因组注释、PCR引物验证、序列比对等功能。通过访问*** genome.ucsc.edu/（图1），用户可进入交互式基因数据可视化界面。
miRBase：主要数据库，提供miRNA序列、注释和靶基因预测信息。miRWalk：综合数据库，提供人类、小鼠和大鼠的miRNA预测信息和验证的靶基因结合位点。靶基因预测工具：psRNATarget：专为预测植物miRNA靶基因设计的在线工具。TAPIR：同样适用于植物miRNA靶基因的预测。
为了深入探索基因的功能和相互作用，生物信息学实践者通常需要进行基因功能注释。本文将介绍如何通过GO（基因功能注释）、KEGG（京都基因与代谢途径数据库）、SwissProt（蛋白质数据库）和PFAM（蛋白质家族数据库）以及TFDB（转录因子数据库）进行基因功能注释。
如何在ncbi上查找基因序列设计引物
1、在NCBI页面的右上角，通常会有一个序列位置信息的选项。通过点击或访问该部分，你可以查看序列在基因组中的具***置，这对于理解引物设计的相对位置非常重要。这些信息有助于确保引物不仅位于目标区域，还能确保它们在基因组中的位置有利于PCR（聚合酶链反应）的高效扩增。设计引物时，需要考虑多个因素。
2、要在NCBI中查找白色念珠菌SOD2基因的碱基序列，首先需要登录NCBI官方网站。在首页的搜索框中输入“白色念珠菌SOD2基因”的名称。接着，根据您的研究所需的物种来源进行选择，如白色念珠菌的具体种类。在搜索结果中，可以找到对应的基因序列。找到序列后，您需要对其进行分析以确定合适的PCR引物设计区域。
3、NCBI--Sequence Analysis--ORF finder--将序列贴进去——OrfFinder 2 NCBI -- Primer-BLAST-- 将序列贴进去-- 设定参数 -- get primers 就可以拿到一些引物，然后比较筛选；当然还可以到一些软件里去设计，如Primer 3等。
4、寻找qPCR引物设计的途径可以参考primerbank引物库，这个库涵盖了人和小鼠94%的已知基因。进行qPCR引物设计时，Primerbank提供了一个保险的选择流程。首先，需要从NCBI数据库中获取待设计qPCR引物的Gene ID号。访问NCBI网站并使用左侧的“Gene”数据库进行搜索，输入基因的英文名以及物种名以缩小范围。
5、实例操作指南：首先访问NCBI BLAST网页，点击“Search for short， nearly exact matches”，在搜索栏输入引物序列。方法包括分步验证上下游引物，或同时输入上下游序列。在设置中选择目标物种并调整期望值，然后点击“BLAST！”。结果呈现后，通过图形和文本格式分析匹配情况，确定引物序列的特异性和有效性。
关于基因设计网站，以及基因设计图的相关信息分享结束，感谢你的耐心阅读，希望对你有所帮助。
